Especies protegidas en el parque Omar Torrijos Herrera

Entre las especies de mamíferos en peligro de extinción que aún se encuentran en el parque están todos los felinos que viven en Panamá.
El jaguar (Panthera onca)

El puma (Puma concolor)

El manigordo (Leoparduspardalis)

El tigrillo (Leopardus weidii) y el tigrillo congo (Puma jagouaroundi).

 Además existen poblaciones estables de:
Tapir (Tapírus bairdii)

Saíno (Tayassu tajacu)

Puerco de monte (Tayassu pecari)

Venado cola blanca (Odoicoleus vírginíanus).

Con relación a la avifauna se destacan, entre otras.
El evasivo y escaso trogón ventrianaranjado (Trogonaurantiiventris)

La cotinga sombrillera (Cephalopterus glabricollis)

El raro trepatroncos picofuerte (Xíphocolaptes promeropírhynchus).